IDENTIFICACIÓN MOLECULAR DE VIRUS QUE INFECTAN CON FITOPLASMAS EN CULTIVOS DE ZANAHORÍA EN PERÚ

Delia Gamarra, Wilmer Cuellar, Egma Mayta, Arturo Olortegui, Pedro Lozada, Rina Ramírez, Carlos Chuquillanqui, Ida Bartolini, Gilberto Torres, E. Durigon

Resumen


En estos últimos años, la zanahoria está siendo afectada por el virus en co-infección con fitoplasmas en el Valle del MantaroPerú produciendo 20-98% de incidencia. Los objetivos fueron identificar molecularmente los virus y fitoplasmas de zanahoria que causan el complejo del achaparramiento, para determinar el rango de huéspedes y el modo de transmisión. Se recolectaron muestras de zanahoria con síntomas de amarillamiento, morateo y encrespamiento a fin de extraer el ARN total. La identificación molecular de los virus aislados de zanahoria se realizaron por la secuencia de las moléculas de siRNA en el Genoma Analizador “Genoma Analizador IIx de Illumina”, Plan-les-quater, Suiza. Estos fragmentos de siRNAs, que consta de ARN de doble cadena de 20-21 nucleótidos (nt) perfectamente complementarias, que se genera por la presencia de ARN de los virus que infectan zanahoria, fueron transcritas y amplificados por PCR inversa. El análisis de las lecturas se realizó mediante el uso de la “secuenciación profunda”, las lecturas resultantes de 20 y 24 nt se combinaron y cada conjunto de secuencias se analizaron por BLASTn. Paralelamente se determinó la transmisión mecánica de virus provenientes de muestras de zanahoria con síntomas similares. Las identificaciones moleculares y caracterizaciones de fitoplasmas aislados de zanahoria se basaron en el 16S rRNA gen utilizando PCR anidada. Se ensayaron métodos de transmisión de fitoplasmas con insectos vectores. Los resultados mostraron que son  dos virus no relacionados los que infectan zanahoria: Zanahoria  Red Leaf Virus (Polerovirus) y virus del moteado de la zanahoria  (Umbravirus). Se confirmó, también la transmisión mecánica de CMoV en cuatro plantas indicadoras. Además, se identificaron dos fitoplasmas infectando zanahoria. El fitoplasma  que  infecta zanahoria en Huancayo y Chupaca pertenece al grupo X-enfermedad 16SrIII (Candidatus fitoplasma pruni), mientras que el fitoplasma aislado de zanahoria y maíz provenientes de Chupaca  pertenecen a AYP 16SrI Grupo (Candidatus fitoplasma  asteris). El análisis filogenético de las secuencias, comparado con los obtenidos a través de BLASTn en el GenBank, determinó la formación de dos principales clados monofiléticos. A partir de cinco especies de insectos vectoras que fueron identificados en plantas de zanahoria infectada, tres de ellos tenían fitoplasmas: Exitiosus paratanus, Bergallia huancayoensis y Russelliana solanicola. De ellas, solamente P. exitiosus transmitió la enfermedad.  Estos datos representan la primera confirmación molecular de la co-infección de virus y fitoplasmas que producen síntomas similares en cultivos de zanahoria en el Perú.

 


Palabras clave


virus, fitoplasmas, zanahoria, CRLV, CMoV, Candidatus phytoplasmas pruni, Candidatus phytoplasma asteris, co-infection virus y fitoplasmas, Parathanus exitiosus.

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